1983 жылы Самарқанд ауыл шаруашылық институтын «Зооинженерия» (1983 ж) және Тараз инновациялық- гуманитарлық университетін «Биология» (2012 ж) мамандықтары бойынша үздік дипломдармен бітірген.
Ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты (1997), доцент (2010), профессор (2025), АМА корреспондент-мүшесі (2011).
Институт бітіргеннен кейін өзінің еңбек жолын 05.05. 1983 ж. Шымкент қаласындағы қаракөл шаруашылығы ғылыми-зерттеу институтының иммуногенетика зертханасында аға лаборант қызметінен бастады. 1983-1986 жж ҚазҚҒЗИ 06.02.04 - дербес зоотехния, мал өнімдерін өңдеу технологиясы мамандығы бойынша аспирантурасында оқыды.
Аспирантураны бітіргеннен кейін 1986 жылдан 1992 жылға дейін тері қабаттарының гистологиясы және морфологиясы зертханасында кіші ғылыми қызметкер м/а, ал 1992 - 1996 жж биотехнология және иммуногенетика зертханасында ғылыми қызметкер м/а, ЖШС «Оңтүстік-Батыс мал және өсімдік шаруашылығы ҒЗИ» жетекші ғылыми қызметкер болды. Оның жетекшілігімен жүргізілген ғылыми-ізденіс жұмыстары нәтижесінде 6 аспиранты кандидаттық диссертацияларын нәтижелі қорғаған.
2013 жылдан бастап М. Х. Дулати атындағы Мемлекеттік Тараз университетіне жұмысқа алынып, жұмысын атқаруда.
Ғылыми- зерттеу жұмыстарының негізгі бағыты: ветеринария, биотехнология, жануарлар биотехнологиясы, жануарлардың көбею биологиясы, ауыл шаруашылық жануарларының селекциясы, жануарлар өнімін өңдеу технологиясы.
ҒЗЖ қоса ЖОО оқытушылық қызметімен де айналысады. Негізгі өтетін сабақтары: биотехнология, жануарлар биотехнологиясы, медициналық және ветеринарлық биотехнология, ет және ет өнімдерінің технологиясы, экологиялық биотехнология, қайта өңдеу өндірістерінің қалдықсыз технологиясы, биоқұрамажем технологиясы.
ЖАК тарапынан ғылыми не (немесе) ғылыми-техникалық аккредиттелу куәлігіне (20 желтоқсан 2012 ж, серия МК №003030) ие.
Х. Ә Аубакиров Қазақстан Республикасы жоғары оқу орындары оқытушылары арасында жарияланатын конкурска қатысып, 2008 жылы «Жоғары оқу орнының үздік оқытушысы» грантының иегері, ЖОО арналған оқулықтар дайындаудағы көп жылдық еңбегі үшін А. Байтұрсынов атындағы қола медальдің (2013), ОҚО агроөнеркәсіп кешені еңбеккерлері кәсіподағы тарапынан «Еңбек даңқы» қола медалімен (2014) және көптеген мақтау қағаздары мен дипломдарымен марапатталған.
Ғылыми-педагогикалық еңбек жолындағы ізденістері нәтижесінде барлығы 235 астам ғылыми мақаланың, 13 өнертапқыштық патенттің, 4 нұсқаулықтың, 4 оқу құралының, 1 практикумның және Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрлігі тарапынан бекітіліп, ЖОО студенттеріне арналып қазақ тілінде шығарылған «Биометрия», «Биотехнология», «Ауыл шаруашылық биотехнологиясы», «Жануарлар биотехнологиясы» атты базалық оқулықтарының авторы атанды.