В 1983 году с отличием окончил Самаркандский сельскохозяйственный институт по специальности «Зоотехника» (1983) и Таразский инновационно-гуманитарный университет с отличием по специальности «Биология» (2012).
Кандидат сельскохозяйственных наук (1997), доцент (2010), профессор (2025), член-корреспондент Академии сельскохозяйственных наук (2011).
После окончания института начал свою карьеру в качестве старшего лаборанта в лаборатории иммуногенетики Каракульского научно-исследовательского института в Шымкенте 05.05.1983. В 1983-1986 годах обучался в Казахстанском национальном научно-исследовательском институте животноводства с 06.02.04 – самостоятельная зоотехника, технология переработки продуктов животноводства.
После окончания аспирантуры, с 1986 по 1992 год работал младшим научным сотрудником в лаборатории гистологии и морфологии слоев кожи, а с 1992 по 1996 год — научным сотрудником в лаборатории биотехнологии и иммуногенетики, а также ведущим научным сотрудником в ООО «Юго-Западный научно-исследовательский институт животноводства и растениеводства». В результате проведенной под его руководством научно-исследовательской работы 6 аспирантов успешно защитили кандидатские диссертации.
С 2013 года работает в Государственном университете имени М. Х. Дулати в Таразе.
Основные направления научных исследований: ветеринарная медицина, биотехнология, биотехнология животных, биология репродукции животных, селекция сельскохозяйственных животных, технология переработки продуктов животного происхождения.
Помимо научной работы, также занимается преподавательской деятельностью в университете. Преподаваемые предметы: биотехнология, биотехнология животных, медицинская и ветеринарная биотехнология, технология мяса и мясных продуктов, экологическая биотехнология, безотходная технология перерабатывающих предприятий, биоматериаловедение.
Имеет свидетельство о научной и (или) научно-технической аккредитации от Государственной аккредитационной комиссии (от 20 декабря 2012 г., серия МК № 003030).
Х. Аубакиров принимал участие в конкурсе, объявленном среди преподавателей высших учебных заведений Республики Казахстан, и в 2008 году был награжден грантом «Лучший преподаватель высшего учебного заведения», награжден бронзовой медалью А. Байтурсынова (2013) за многолетнюю работу по подготовке учебников для университетов, бронзовой медалью «Трудовая слава» от Профсоюза работников Южно-Казахстанского областного агропромышленного комплекса (2014) и множеством сертификатов и дипломов.
В результате своей научной и педагогической работы он стал автором более 235 научных статей, 13 патентов на изобретения, 4 пособий, 4 учебных пособий, 1 практического курса и базовых учебников «Биометрия», «Биотехнология», «Агробиотехнология», «Биотехнология животных», утвержденных Министерством образования и науки Республики Казахстан и изданных на казахском языке для студентов вузов.
